「鄉師自然學校」於2007年創校，但不少朋友卻在此之前已聽講過「自然學校」。
這要追溯至1993年，當時八個年青人抱著一份改革香港教育的熱誠，以創辦一所另類學校為目標，成立了「自然協會」，並以「自然學校」的名號舉辦假期活動，推廣情意自然教育，所以昔日「自然學校」和「自然協會」是同一團體。
期間他們不斷探討外地另類辦學的先例、不同的教育理念，最後以英國夏山學校 (Summerhill School) 創辦人尼爾 (Alexander Sutherland Neill) 的開放人本教育觀，以及美國自然教育學家柯內爾 (Joseph Cornell) 的情意自然教育，奠定自然學校的教育方針，為自校日後的發展提供重要路向。
十年人事幾番新，建校成員不斷演替——校董劉永佳 (一葉/知秋/天鳥) 過去以校長及老師的身分陪伴自校走過十個年頭；後來主力建校成員葉頌昇 (海星)、蔡珊茹 (白鷺) 在2000年時加入，由於二人對創校信念堅定，加速了建校的進程。2003年起，自校團隊多次到訪台灣體制外的學校，包括森林小學、種籽學苑、全人中學等，最大的驚喜是發現在華人社會裡，開放自主的教育是可行的，讓這群體制內的教育工作者得以反思主流學校教育觀念及現況。
建校團隊境外考察後，積極在暑假推出「螢火蟲學苑」做教育實驗，尤以2005年長達三星期的模擬學校生活最具成果，再一次證明只要讓孩童有一定的自主空間，其學習本能就可以萌發。這無疑為建校團隊打了一支強心針。
經過不斷鑽研反思，嘗試實踐了十多年後，自校終於確立以「自然、人本、自主」為辦學的核心價值。然而，無資金、無校舍、無權勢，如何能開辦一所學校呢？智者常言：「只有那看不見銀圓有兩面的人，才會有勇氣賭一鋪。」自校團隊幾年來不斷向政府申請以廢置村校辦學，但都得不到任何正面的回覆，雖然教統局官員曾接見自校核心成員，卻極力游說自校團隊轉為開設一間自然教育中心，以支援主流教育云云。慶幸團隊上下並沒有因此改變初衷，大家深信整全及持續的學校教育，對孩子的成長才是最好的。
當初原定於2006年9月開校的目標未能達到，的確令不少人失望，但團隊不但沒有鳥獸散，反而擴充核心成員，其中半數以上辭去入息不錯的正職，全情投入建校工作，一起打併。
或許就是這份天真的勇氣感動了上天，在有心人穿針引線下，建校團隊認識了「鄉師同學會」的鄺啟濤校長，他正在為鄉村師範同學會學校位於屯門的校址尋找有心繼續辦學的團體，雙方洽談近三個月，「自校」(即當時的自然協會) 終於跟鄉師同學會達成合作共識，令這個香港希望工程猶如奇蹟般極速成事。
簽約後，自然協會應運作需要成立了自然教育有限公司，直接營運管理鄉師自然學校。自此，自然協會完成了開辦實體學校的歷史使命，專心推廣情意自然教育的工作，並成為支持自然學校持續發展的忠實伙伴。
鄉師自然學校於2007年10月正式開學，創校學生人數為14人，第二個學期增至27人，其後學生人數逐年遞增，至近年學生人數徘徊在70-80人之間。